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二代试管同其他试管技术一样，毕竟不是自然受孕，婴儿会有一定缺陷发生率，孕期可能会流产或是畸形等几率比自然怀孕要高些的，大多数的二代试管婴儿都会出现遗传风险，这个是最明显得缺点，所以在做二代试管婴儿之前一般会对精子进行检查，尽量减少胎儿发生异常的几率。
二代试管婴儿存在的缺陷
生殖技术上第二代试管主要针对男性严重少弱精症，或者精子畸形率高等问题，所以相较于第一代试管婴儿来说，二代试管技术要求更高，成功率也要高一点，但是这样的技术也同样让婴儿存在缺陷，具体如下。
1、第二代试管婴儿是将优质的精子人为注射到卵子里面，属于强制受精，所以在精子注入卵子的过程中可能对精子内部结构造成少许损伤，但肉眼无法看出；
2、第二代试管婴儿对于优秀精子的挑选完全通过肉眼观察，因此一些内部存在缺陷的精子可能被误认为优秀的精子而进行受精，这样一定程度上存在胚胎缺陷的风险高于第一代试管婴儿；
3、虽然第二代试管婴儿的受精率高，但优胚率、囊胚率以及妊娠率，可能比一代概率稍低；
4、通常情况下，第二代试管婴儿孕初期的流产率约高于5%，比第一代试管婴儿略高。
另外第二代试管婴儿在第一代试管婴儿的基础上，增加了卵胞浆内单精子注射技术，技术要求更高，采用的设备也就更先进，所以费用高于一代试管婴儿，费用方面对于很多不孕不育家庭来说也是一大难题。
最后总结：综上所述，第二代试管婴儿技术虽然先进，同时也存在一定的缺陷，所以具体是是选择第一代，还是第二代试管婴儿技术，需要根据自己的实际需求，并咨询专业医生决定，因为好的试管婴儿技术不一定会适合自身，如何选择还因从身体条件，经济情况选择。
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