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不孕不育的患者假如罹患巧克力囊肿，这时候患者就会陷入到开刀和不开刀的困扰，有人认为开刀会影响到卵子的数量，而不开刀的话，巧克力囊肿又会影响到卵巢，同样也会影响到卵子的数量。
因此就有不少的患者选择直接做试管婴儿，但是他们同样担心有巧克力囊肿会影响到取卵的数量以及质量?不过根据意大利的某个Filippi医师的研究认为并没有影响。
Filippi医师选择了29位仅仅只是单侧巧克力囊肿的病患，给她们做试管婴儿的治疗过程中，同时还记录着患侧或非患侧卵巢取出的卵子的数目、精卵受精率、分裂成长速度、顶级胚胎的比率等等数据，然后再加以比较，从这里可以清楚的看出来巧克力囊肿对于卵子的影响。
研究发现，非患侧的卵巢能够取得多一些卵子，而取出卵子后的受精率则并没有很大的差异，虽然说从患侧取出来的卵子数量比较少，不过胚胎形成的第三天或者第五天的顶级胚胎比率相对非患侧还要更高一些。总的来说，最终还是会形成顶级胚胎数目，而并没有任何的差异。因此Filippi医师得出结论，认为巧克力囊肿并不会影响取出卵子的质量。
不过呢，回顾过去的论文，也曾经有Maneschi团队发表卵巢长水瘤、畸胎瘤或巧克力囊肿，对于卵子的数量会有一定的影响。而且由于巧克力囊肿会产生大量的氧化物质，因此特别有可能会影响到卵子的每一个发育成熟阶段，理论上来说，自然也会影响打破卵子和胚胎。
之所以会有这种完全相反的结论，可能跟他们的研究方向不同，目前来说，认为卵巢巧克力囊肿影响卵巢功能极为有限，因此并不能随意下定论。
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