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虽然人类囊胚培养和移植技术已被公公认是一种提高胚胎种植率，减少多胎好娠的方法，但这项新兴的技术还存在许多争议和问题尚待探。
第一单卵双胎，目前对于囊胚移植是否增加单卵双胎的发生率仍存在争议。支持者认为，发生该现象的原因可能是：延长胚胎体外培养时间使透明带更加硬化，囊胚自然孵出或辅助孵出时更易嵌顿，使ICM分裂;序贯培养液可能影响KM细胞间的黏附，使ICM更易分裂;但也可能与囊胚移植技术有关。随着囊胚移植尤其是单个囊胚移植在多中心的开展，通过大样本的分析，可能得出准确的结论。
(2)性别选择：一些研究发现囊胚移植后男婴的出生率偏高，可能是因为在体外培养时男性胚胎的发育速度比女性胚胎快，在优先选择最早发育的囊胚进行移植时，可能造成了潜在的性别选择。
(3)可供移植和冷冻保存的胚胎数减少，甚至无胚胎移植：目前的胚胎体外培养系统尚不完善，还不能完全模拟体内情况延长体外培养时间可能影响胚胎存活，导致可移植的囊胚数减少，甚至无胚胎移植，使患者失去了早期胚胎移植的机会，甚至失掉早期胚胎移植可能的妊娠这种结局对患者来说很难接受。
(4)其他：与其他辅助生殖技术一样，囊胚培养过于依赖于培养液的成分，这些成分对胚胎发育是否有潜在的影响对后代是否有长远作用，目前缺乏数据证明还需要进一步探讨。
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